La Contraloría General de la República detectó debilidades en la gestión del INCOFER que afectan el seguimiento de sus proyectos, la actualización de tarifas, la transformación institucional y la generación de nuevos ingresos.
Costa Rica intenta modernizar su sistema ferroviario con una institución cuya estructura organizacional fue aprobada hace 36 años. Ese es uno de los hallazgos más llamativos de una auditoría de la Contraloría General de la República (CGR) sobre la capacidad de gestión del Instituto Costarricense de Ferrocarriles (INCOFER).
El informe DFOE-CIU-IAD-00002-2026, fechado este 9 de setiembre, examinó la gobernanza y visión estratégica institucional y concluyó que existen incumplimientos significativos en aspectos esenciales para ejecutar el Plan Estratégico Institucional 2025-2029.
Los números muestran el tamaño del rezago. Al cierre de 2025, los siete objetivos estratégicos del INCOFER registraban avances de 32%, 0%, 0%, 20%, 15%, 60% y 10%. La propia Contraloría señala que la mayoría presenta porcentajes bajos de cumplimiento y advierte que la falta de seguimiento puede provocar estancamiento institucional y retrasar proyectos ferroviarios de alto impacto nacional.
La CGR explica los principales hallazgos sobre el INCOFER
Marcela Aragón Sandoval, gerente de Fiscalización para el Desarrollo de Ciudades de la Contraloría General de la República, explica los principales resultados de la auditoría realizada al INCOFER y las debilidades detectadas en su gestión, gobernanza y visión estratégica.
INCOFER todavía funciona con una estructura de 1990
Uno de los datos más contundentes del informe es que el INCOFER continúa operando con una estructura organizacional aprobada en 1990, sin que posteriormente se haya logrado consolidar una actualización efectiva.
La transformación organizacional, considerada una acción estratégica primordial dentro del plan 2025-2029, alcanzó solamente 10% de progreso al cierre de 2025, cuando debía ubicarse en 20%. La CGR incluso advierte del riesgo de que no se llegue al 50% previsto para finales de 2026.
La Contraloría también señala que la institución carece todavía de un Plan Quinquenal de Capacitación formalizado para desarrollar las competencias de su personal. Mantener esa estructura desactualizada y sin una planificación integral del talento humano pone en riesgo proyectos como el Tren Huetar, el Tren Pacífico Central y el Tren Rápido de Pasajeros.
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Plan estratégico arrancó sin mecanismos formales de seguimiento
La auditoría determinó además que el Consejo Directivo del INCOFER no efectuó un seguimiento activo al avance del Plan Estratégico Institucional ni emitió las directrices correctivas necesarias ante los atrasos detectados.
Más llamativo todavía: el plan fue aprobado en diciembre de 2024 y puesto en marcha para el periodo 2025-2029 sin que previamente estuvieran oficializados los indicadores, reglas y mecanismos necesarios para controlar su cumplimiento. En mayo de 2026 la institución apenas estaba elaborando un procedimiento formal de seguimiento.
Tarifas ferroviarias arrastran modelos de hace más de dos décadas
Los problemas también alcanzan la sostenibilidad financiera.
Para pasajeros, la metodología tarifaria vigente data de 2008. En transporte de carga, la estructura continúa regida por una resolución basada en datos de 2002, sin una metodología formalizada adaptada a la realidad actual del servicio ferroviario.
La actualización de las tarifas de carga debía registrar un avance de 60% al cierre de 2025, pero la Contraloría determinó un progreso real de apenas 10%. Mantener tarifas alejadas de la realidad operativa disminuye la competitividad del ferrocarril y amenaza la capacidad financiera del INCOFER.
171 solicitudes sobre activos ferroviarios siguen pendientes
Otro frente abierto está en el aprovechamiento de los activos públicos. La CGR encontró 171 solicitudes de permisos de uso pendientes de trámite.
Además, la gestión de estos permisos no cuenta con un área funcional ni con procedimientos formales que concentren su trámite, control, seguimiento y cobro. La Contraloría advierte que estas debilidades pueden generar ineficiencias recaudatorias, afectar la diversificación de ingresos y poner en riesgo la transparencia y la protección del patrimonio ferroviario.
La CGR emitió disposiciones de cumplimiento obligatorio y fijó plazos al Consejo Directivo y a la Presidencia Ejecutiva para corregir los problemas detectados.
